一二八事变后，疾呼“团结一致，共赴国难”

林森正式当选国府主席不到１个月，上海一二八事变就爆发。

日军进攻上海后，南京受到了严重威胁。１９３２年１月３０日，国民政府决定迁都洛阳。３月，国民党四届二中全会在洛阳召开，议决以洛阳为行都的同时，把西安改称西京，作为陪都。出任国家元首仅１个多月，国民政府就被迫迁移，林森对时局充满忧虑，大声疾呼“团结一致，共赴国难”。在政府迁到洛阳后，林森号召人民坚持抗战，百折不挠，奋斗到底。

淞沪抗战期间，蒋介石、汪精卫并无抗战的勇气和决心，对抗战消极观望，并积极准备与日本政府协商停战。１９３２年２月２４日，林森却在洛阳对记者发表谈话时坚定地表示：“外交问题，政府不屈服，国人亦自身奋斗，始有出路。”３月３日，在国联以及英国驻华公使的斡旋下，中日双方停止军事行动。４月１５日，中日谈判正进行中，林森又在上海发表谈话：“当此强邻压境、危急存亡之秋，与其屈辱图存，毋宁坚决抵抗。纵或失败，亦有光荣。我国军火财政，虽两俱不充，但本人以为除坚决抵抗外，绝无委屈妥协之可能。本人忝主中枢，当以国家为前提，努力去做，各党派意见虽杂，但抗日御侮，必人同此心，否则同归于尽。”

显然，林森对蒋介石的妥协政策极为不满。

卢沟桥事变后，成了“抗战元首”

１９３７年７月７日，日本帝国主义悍然发动了卢沟桥事变，中国抗日战争全面爆发。８月２日，林森在对当前时局应有的认识中指出：“我们的领土主权若是受到侵害，甚至危害到我们整个国家的独立生存时，那么我为维护国家的独立生存起见，便只有起来抗战……不抵抗，便只有灭亡，还说得到和平吗？”

特别值得一提的是林森关于全面抗战和持久战的论述。８月１６日，林森在国府纪念周演讲时就以《保卫国土是全国军民应尽的天职》为题，强调指出：“全国国民也应该深深认识目前我们国家所遭遇的危难，把保卫国土看做每个人自己应尽的天职，协助政府，奋斗到底，以达到我们最低限度生存的目的。”

在１９３８年的元旦讲话中，林森分析比较了中日两国的国力，明确提出了坚持长期抗战，必将取得最后胜利的观点。林森不仅从军事上，而且从政治、经济、道义、国土资源、国际力量的支持等方面对中日双方的国力进行比较分析，指出日本只能得逞于一时，最终必然失败；中国在军事上虽然一时失利，但只要坚持长期抗战，最后必将取得胜利。

林森在抗战之初，就能够提出持久战的观点，并且还注意到“民众运动”也是“长期抗战的条件”，是很难能可贵的。

七七事变后不到５个月，日寇占领了上海，威胁南京。１９３７年１１月１７日，国防最高会议决议中央政府迁往重庆。离开南京时，林森已经７０多岁，他到国府会场向蒋介石等人辞行说：“我已是古稀之人，将来是否能回到南京，已不敢作想，但你们一定要坚决抗日，肯定会取得胜利！”

１９３８年底，身为国民党副总裁的汪精卫投敌叛国。１９３９年１月１日，国民党中央委员会决定开除汪精卫的党籍，国民政府也重申要严惩汉奸。林森发表元旦讲话指出：“偷生怕死，卖国求荣就是汉奸。这种人虽然暂时保了性命，得了小小利益，但是遗臭万年，上辱没了祖先，下贻害到子孙。一到敌人用不着汉奸的时候，仍旧免不了送命，或者精神受到了惩罚，天天在苦痛之中，永远作不得人。明末的吴三桂，就是一个例子。”

１９４０年３月３０日，汪精卫在南京成立伪政府。此前，汪精卫致电林森，恳请他到南京就任所谓的“国民政府主席”。这理所当然地遭到林森的严辞拒绝。汪精卫于是表示“谦逊”，宣布就任“代理主席”，“虚位以待”林主席。林森则发表广播讲话《痛斥汪逆伪组织》，“希望全国军队和人民，无论南北东西，都要各尽各的本能，各守各的岗位，齐心协力，团结精神，坚持抗战立场，肃清汉奸。”